明朝地图，南明疆域变化图
1644 年，李自成进入北京。此时大顺军势力已东至鲁豫，南跨荆楚，西迄秦陇，北抵燕晋，整个北方几乎皆为其所有。南明只控制了江淮、江南和西南大部分地区。而在西边的四川， 此时张献忠领导的另一支农民军正屯兵万县， 准备向成都进发。
明朝地图：1644年4月局势
明朝地图：1644年11月局势
1644 年四月二十二日，大顺军被吴三桂和秦军击败。清军占领北京后即出兵追击， 十月初三， 清军占领山西首府太原。
得知李自成被清军击败， 山东河南等地明朝官绅蜂拥而起， 大顺军在这里的政权纷纷瓦解。而清军乘虚南下，到 1644 年十一月清廷已派遣使者兵卒招抚了畿南、山东和河南北部三镇。而在西南，张献忠已攻下成都，收取了四川大部，并于 11 月称帝，建立了大西政权而此时的南明控制范围进一步缩小
明朝地图：1645年6月局势
1645 年清军占领大顺军都城西安。在击败大顺军，占领陕西后，清军即分兵三路南下江南：多铎部出潼关， 经归德向南直趋泗州、扬州， 进攻南京； 阿济格部尾随李自成已至江西九江， 派遣降清的金声桓部收取南昌， 然后顺江东下， 与多铎部会师芜湖； 另外满清收取淮安等地。
清朝大军已进入江淮地区，南明的 江北诸镇面对清朝大军望风而溃， 不降即逃。 扬州、南京纷纷陷落。弘光帝也被俘。1645年六月十四日，清军不费吹灰之力即占领杭州，湖州、嘉兴、绍兴、宁波等地。1645 年，明朝诸臣在福州又拥立唐王朱聿键为帝，年号隆武，开始与清朝对抗。
明朝地图：1646年10月局势
1646 年二月，清朝再派大军南征，一举击破明军防线， 攻陷绍兴、金华、定海等浙东之地。但福建的郑芝龙却是不战而降， 八月二十八日，清军追至汀州， 隆武帝被俘杀。 九月十九日， 清军进入福州， 十月，在江西的金声桓部清军攻下赣州，江西全境也落入满清之手。
在西边的四川， 张献忠于八月焚毁成都， 弃城而走。 而在西南边陲，1645 年十二月蒙自土司沙定洲掀起叛乱，夺取云南首府昆明， 世守云南的黔国公沐天波被迫逃往楚雄。 至来年二月， 除楚雄以西的整个云南都归附了沙定洲
1646 年十月初十，桂王朱由榔在广东肇庆继位监国，这时传来赣南重镇陷落的消息，朱由榔逃往广西梧州，此时 清军李成栋、佟养甲部正迅速由福建向广东推进，清军均以布帕包头，伪称明军，偷袭广州
明朝地图：1647年12月局势
1647 年一月，李成栋部清军西进占领肇庆， 在攻陷梧州后在桂林受挫后退回广东。 此时清军已北上占领韶州，渡海占领琼州。四月时，广东十府均沦陷于清军之手。
清朝派孔有德、耿仲明、尚可喜由北京南下，径取湖南，于 1647年二月占领长沙。 此后， 孔有德又派耿仲明部北上攻常德， 尚可喜部西进取攸县。 到年底之时， 除湘西部分土司外， 湖南全境皆为清朝所得。
在西南，1647 年正月，张献忠被清军射死，清军迅速入川。 大西军余部在孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇四将军的率领下急速南撤，渡过长江天险，进入贵州，占领贵阳。豪格统率的清军追至遵义，因地方残破荒芜，粮草不济，只得由四川撤回北京，只在川北据有保宁一隅之地。
1647年九月，大西军与沐天波达成协议，决定“共扶明后，恢复江山。 ”至此除沙定洲仍据守蒙自、阿迷州，东川土司禄氏仍存观望外，整个云南都为大西军平定。
而在东南沿海， 鲁监国已被据守东南沿海的郑彩等人由舟山迎至厦门， 1647年七月，趁清军主力北返，鲁监国率部亲征福建，一时义军飙发，远近响应。至1648 年 6 月，南明义军已一度攻陷福建三府一州二十七县之地。
明朝地图：1648年11月局势
1647 年十二月清军攻占全州，打开广西门户，1648 年正月江西总兵金声桓在南昌宣布反清复明， 除广信、赣州二城外， 江西全省皆反清归明。清军已调大军南下镇压。三月， 甘肃回民将领米喇印、丁国栋也发起反清起义， 连克西北各州又引兵东进，攻破兰州，声势大振，清朝在甘州也被义军包围
四月十五日， 清两广提督李成栋也在广东宣布反清归明。 即领兵北攻赣州，后又中计， 在赣州城下立足未稳，便遭突击，被打得大败。在湖南战场，清军得知江西反叛退保岳阳，明军趁机反攻：先后收复常德、辰州、靖州、黎平、武冈、宝庆等地； 督师阁部何腾蛟则收复了全州， 进攻永州。
十一月，攻下永州，重占宝庆，清军不敌，弃衡州而走。 长沙府属十二州县已被忠贞营攻陷九座，长沙已成孤注。至此，明军已收复湖南大部，清兵保据长沙、岳阳而已。这年十二月， 大同总兵姜镶也在山西反清， 到莅年四、五月，山西除省会太原及平阳外都被复明义军占据，反清起义扩展到北方。
明朝地图：1649年6月局势
1649 年正月，形式逐步恶化，清军突袭湘潭，湖南宝庆、衡阳、靖州等地重新沦陷，广西门户全州也失守， 堵胤锡及忠贞营部则由湖南郴州撤入广西南宁。而在江西，清军已围困南昌半年，正月十九日城破。在西北，清军于正月攻占甘州，不久又破肃州，丁国栋等人被擒杀。
二月， 李成栋再次北上进攻赣州， 三月初，明军在信丰被清军击败，兵溃慌乱之中，李成栋也坠马溺亡。二月十五日， 继姜镶在山西反清后，王永强也在陕西榆林起事， 南下占领延安， 恢复陕北十九个州县， 秦、晋两省反清势力已联成一片。 直到 1650 年十一月，清军才平定陕北。
1649 年十一月，清朝调定南王孔有德、靖南王耿仲明、平南王尚可喜三王旧部再次南下， 孔有德由湖南攻广西， 耿仲明、尚可喜经江西取广东。
明朝地图：1650年11月局势
1650 年除夕之夜，尚可喜与耿继茂部由江西偷袭广东南雄，又攻陷韶州，三月，清军围攻广州。 尚可喜见城坚难破， 先发兵招降惠、潮二州明军。六月， 郑成功垂涎潮州产量之地， 竟趁乱引兵攻打驻守此城的郝尚久，此时潮州以西的惠州已归附清朝，潮州已于南明隔绝，而又受到“友军”郑成功的攻击
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